Sejarah berdirinya MAN Asahan di mulai tahun 1990. Pada saat itu MAN Asahan sebelumnya bernama MAN Kisaran merupakan sebuah MAN Persiapan Negeri yang menjadi filial dari MAN Tanjung Balai. Gedung belajarnya juga masih menumpang di MIN Filial Mutiara Kisaran dan selanjutnya pindah ke SMA PGRI yang berlokasi di Jalan Budi Utomo Mutiara.

Tak lama kemudian, seiring dengan perkembangan MAN Persiapan yang begitu pesat, pada tanggal 25 Oktober 1993, MAN Persiapan berubah menjadi MAN Kisaran secara defenitif di bawah kendali Drs. Moh. Hadi Ks yang sebelumnya merupakan kepala MAN Persiapan.

Dalam perkembangannya, di tahun 2007 pada masa kepemimpinan Drs. Abdul Muin, yang merupakan kepala MAN Kisaran ke empat merupakan momentum bangkitnya madrasah ini sejajar dengan sekolah-sekolah umum sederajat di Asahan dan Madrasah Aliyah yang sudah lebih dahulu punya nama di Sumatera Utara. Hal ini di tunjang dengan masuknya guru-guru baru yang lulus di masa 100 hari pemerintahan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono. Pembenahan awal yang di lakukan beliau adalah dengan melakukan komputerisasi data madrasah dengan mengaktifkan komputer laboratoriun yang saat itu tidak di manfaatkan, kemudian menargetkan dalam masa jabatan beliau sebagai juara sains untuk tingkat provinsi. Dimana target beliau di wujudkan oleh salah seorang siswa yang bernama Yunisa Dwi Jayati (2007). Dalam jabatan beliau sebagai Kepala MAN Kisaran telah memiliki ruang belajar, satu Laboratorium IPA, ruang komputer, ruang dewan guru, ruang kantor tata usaha, ruang perpustakaan, ruang koperasi dan satu musholla.

Mementum kebangkitan ini selanjutnya terus dijaga di bawah kepemimpinan Drs. H. Makmur Syukri M.Pd sebagai kepala MAN Kisaran ke-lima. Pada masa ini madrasah mengalami banyak pembenahan dan terus mempercantik diri dengan meningkatkan kualitas pengelolaan lingkungan dengan memperbanyak tanaman. Bahkan di 2009 MAN Kisaran sempat merasakan menjadi finalis Olimpiade Penilitian Siswa Indonesia (OPSI) di Jakarta.

MAN Kisaran dibawah kepemimpinan Drs. H. Makmur Syukri, M.Pd memperoleh berbagai prestasi diantaranya Juara 1 Perpustakaan Provinsi Sumatera Utara Tahun 2009, Juara 1 Perpustakaan Provinsi Sumatera Utara Tahun 2014, Perpustakaan MAN Kisaran masuk nominasi Perpustakaan Nasional 2016, masuk Nominasi Adiwiyata Nasional 2011 Kementerian Lingkungan Hidup, meraih Adiwiyata Nasional 2012, meraih Adiwiyata Mandiri 2013, masuk Nominasi ASEAN ECHO Scholl 2015.

Selain itu juga, banyak prestasi yang telah dicapai oleh MAN Kisaran selaku Madrasah Aliyah Negeri satu-satunya di Kabupaten Asahan, diantaranya di tahun 2012 mendapatkan penghargaan Madrasah Awards dan Green School, tahun 2015 pernah memperoleh Juara 1 mata pelajaran Georgrafi, Juara 2 mata pelajaran Matematika, Juara 1 mata pelajaran Biologi pada Kompetisi Sains Madrasah tingkat Provinsi Sumatera Utara. Di tahun yang sama, MAN Kisaran juga mencetak prestasi peraih medali emas lari aksioma tingkat Provinsi Sumatera Utara dan Juara 2 Pidato Bahasa Inggris Putri MA tingkat Provinsi Sumatera Utara di Asrama Haji Medan.

Semua prestasi yang dicapai oleh putra putri terbaik MAN Kisaran adalah hasil proses belajar yang dilakukan oleh guru-guru MAN Kisaran. Keprofesionalan dalam tugas yang diemban oleh guru mampu berhasil mencetak generasi terbaik MAN Kisaran, dan menjadikan MAN Kisaran sebagai salah satu sekolah pilihan di ASEAN yang pernah menerima kunjungan delegasi guru-guru dan pelajar Sekolah Menengah Kebangsaan Darul Ehsan Selayang Baru-Selangor, Malaysia pada bulan Mei 2016 yang lalu dalam rangka studi banding melihat lebih jauh bagaimana kualitas MAN Kisaran.

Pada tahun 2018, MAN Kisaran mengalami perubahan nama menjadi MAN Asahan berdasarkan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 206 Tahun 2018 Tentang Perubahan Atas Keputusan Menteri Agama Nomor 679 Tahun 2016 Tentang Perubahan Nama Madrasah Aliyah Negeri, Madrasah Tsanawiyah Negeri, dan Madrasah Ibtidaiyah Negeri Di provinsi Sumatera Utara.

Sejak MAN Kisaran berubah nama menjadi MAN Asahan dari tahun 2018 s.d sekarang, MAN Asahan pernah meraih prestasi di tingkat nasional yakni Peringkat 6 Besar Tim Aliansi Pada Madarasah Robotics Competition (MRC) 2022 di Yogyakarta Tahun 2022 oleh Tim Robotik MAN Asahan. Kemudian Juara 3 Lomba Video Sinematik pada Expo Nasional Madrasah Aliyah Plus Keterampilan Ke 7 Tahun 2024 di Kotawaringin Timur – Kalimantan Tengah.

MAN Kisaran / MAN Asahan yang telah berdiri dari tahun 1993 sampai dengan saat ini dipimpin oleh 9 kepala madrasah. Berikut adalah nama-nama kepala madrasah yang pernah dan sedang memimpin MAN Kisaran / MAN Asahan:

1. Moh. Hadi KS : Kepala MAN Kisaran dari Tahun 1993 s.d 1999
2. M. Hasbi : Kepala MAN Kisaran dari Tahun 1999 s.d 2002
3. Ismail : Kepala MAN Kisaran dari Tahun 2002 s.d 2005
4. Abdul Muin : Kepala MAN Kisaran dari Tahun 2005 s.d 2007
5. Makmur Syukri : Kepala MAN Kisaran dari Tahun 2007 s.d 2016
6. Tuppal Pardomuan : Kepala MAN Kisaran dari Tahun 2016 s.d 2018
7. Salaudin : Kepala MAN Asahan dari Tahun 2018 s.d 2019
8. Ramli : Kepala MAN Asahan dari Tahun 2019 s.d 2022
9. Elda Ayumi : Kepala MAN Asahan dari Tahun 2022 s.d sekarang

Periode kepemimpinan Kepala MAN Asahan (MAN Kisaran) terlama dijabat oleh Drs. H. Makmur Syukri, M.Pd yakni kurang lebih 9 tahun, sedangkan periode kepemimpinan Kepala MAN Asahan (MAN Kisaran) tersingkat dijabat oleh Drs. Salaudin, MA yakni kurang lebih 7 bulan, hal tersebut disebabkan beliau menderita sakit setelah kurang lebih 3 bulan menjabat sebagai Kepala MAN Asahan.