Sejarah berdirinya MAN Asahan di mulai tahun 1990. Pada saat itu , MAN Asahan Sebelumnya bernama MAN Kisaran merupakan sebuah MAN Persiapan Negeri yang menjadi filial dari MAN Tanjung Balai. Gedung belajarnya juga masih menumpang di MIN Filial Mutiara Kisaran dan selanjutnya pindah ke SMA PGRI yang berlokasi di Jalan Budi Utomo Mutiara.

Tak lama kemudian, seiring dengan perkembangan MAN Persiapan yang begitu pesat, pada tanggal 25 Oktober 1993, MAN Persiapan berubah menjadi MAN Kisaran secara defenitif di bawah kendali Drs. Moh. Hadi Ks yang sebelumnya merupakan kepala MAN Persiapan.

 Dalam perkembangannya, di tahun 2007 pada masa kepemimpinan Drs. Abdul Muin, yang merupakan kepala MAN Kisaran ke empat merupakan momentum bangkitnya madrasah ini sejajar dengan sekolah-sekolah umum sederajat di Asahan dan Madrasah Aliyah yang sudah lebih dahulu punya nama di Sumatera Utara. Hal ini di tunjang dengan masuknya guru-guru baru yang lulus di masa 100 hari pemerintahan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono. Pembenahan awal yang di lakukan beliau adalah dengan melakukan komputerisasi data madrasah dengan mengaktifkan komputer laboratoriun yang saat itu tidak di manfaatkan, kemudian menargetkan dalam masa jabatan beliau sebagai juara sains untuk tingkat provinsi. Dimana target beliau di wujudkan oleh salah seorang siswa yang bernama Yunisa Dwi Jayati (2007). Dalam jabatan beliau sebagai Kepala MAN Kisaran telah memiliki ruang belajar, satu Laboratorium IPA, ruang komputer, ruang dewan guru, ruang kantor tata usaha, ruang perpustakaan, ruang koperasi dan satu musholla.

Mementum kebangkitan ini selanjutnya terus di jaga di bawah kepemimpinan Drs. H. Makmur Syukri M.Pd sebagai kepala MAN Kisaran ke-lima.Pada masa ini madrasah mengalami banyak pembenahan dan terus mempercantik diri dengan meningkatkan kualitas pengelolaan lingkungan dengan memperbanyak tanaman. Bahkan di 2009 MAN Asahan sempat merasakan menjadi finalis Olimpiade Penilitian Siswa Indonesia(OPSI) di Jakarta.

 Saat yang sama juga  menambah ruang belajar berlantai dua serta menambah ruang belajar di lokasi baru yang didanai oleh Pemerintah Daerah Asahan karena berprestasi sebagai sekolah Adiwiyata Nasional di tahun 2012, selanjutnya Sekolah Adiwiyata Mandiri tahun 2013 dan Asean Eco Scholl di tahun 2015.

Selain itu juga, banyak prestasi yang telah dicapai oleh MAN Kisaran selaku Madrasah Aliyah Negeri satu-satunya di Kabupaten Asahan, diantaranya di tahun 2012 mendapatkan penghargaan Madrasah Awards dan Green School, tahun 2015 pernah memperoleh Juara 1 mata pelajaran Georgrafi, Juara 2 mata pelajaran Matematika, Juara 1 mata pelajaran Biologi pada Kompetisi Sains Madrasah tingkat Provinsi Sumatera Utara. Di tahun yang sama, MAN Kisaran juga mencetak prestasi peraih medali emas lari aksioma tingkat Provinsi Sumatera Utara dan Juara 2 Pidato Bahasa Inggris Putri MA tingkat Provinsi Sumatera Utara di Asrama Haji Medan.

Semua prestasi yang dicapai oleh putra putri terbaik MAN Kisaran adalah hasil proses belajar yang dilakukan oleh guru-guru MAN Kisaran. Keprofesionalan dalam tugas yang diemban oleh guru mampu berhasil mencetak generasi terbaik MAN Kisaran, dan menjadikan MAN Kisaran sebagai salah satu sekolah pilihan di ASEAN yang pernah menerima kunjungan delegasi guru-guru dan pelajar Sekolah Menengah Kebangsaan Darul Ehsan Selayang Baru-Selangor, Malaysia pada bulan Mei 2016 yang lalu dalam rangka studi banding melihat lebih jauh bagaimana kualitas MAN Kisaran.

Setelah era kepemimpinan Drs. Makmur Syukri, MAN Kisaran dipimpin oleh Drs. Tuppal Pardomuan dan di lanjutkan oleh Drs. Salahudin. Sejak akhir Maret 2019 Kepemimpinan di Madrasah ini mengalami perubahan dengan di angkatnya Ramli, S.Ag,MPd sebagai Kepala Madrasah yang baru.

Kondisi terkini MAN Asahan ; memiliki 25 ruang belajar, 1 Kantor Kepala, 1 Kantor Tata Usaha, 1 ruang perpustakaan, 1 ruang guru, 1 ruang Laboratorium IPA Biologi Fisika dan mobilernya, 1 ruang Laboratorium IPA Kimia belum ada mobilernya, 1 ruang Laboratorium IPS, 1 ruang Bimbingan Konseling dengan joglonya dan tiap ruang sudah dilangkapi dengan CCTV untuk mempermudah pengawasan. MAN Kisaran yang telah berdiri selama hampir 24 tahun, dipimpin oleh 8 kepala madrasah. Berikut adalah nama-nama kepala madrasah yang telah memimpin MAN Kisaran:

1. Moh. Hadi KS (1993 s.d 1999)
2. M. Hasbi (1999 s.d 2002)
3. Ismail (2002 s.d 2005)
4. Abdul Muin (2005 s.d 2007)
5. Makmur Syukri (2007 s.d 2016)
6. Tuppal Pardomuan (2016 s.d 2018)
7. Salaudin (2018 s.d 2019)
8. Ramli (2019 s.d Sekarang)

Periode Terlama dijabat oleh bapak Drs. H. Makmur Syukri, M.Pd selama 9 tahun sedangkan periode tersingkat di jabat oleh Drs. Salaudin, MA yang hanya 7 bulan. Hal ini di sebabkan beliau menderita penyakit di mulai 3 bulan setelah beliau menjabat.